home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Shareware Overload Trio 2 / Shareware Overload Trio Volume 2 (Chestnut CD-ROM).ISO / dir26 / med9410b.zip / M94A0212.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-10-08  |  2KB  |  40 lines
  1.        Document 0212
  2.  DOCN  M94A0212
  3.  TI    Characterization of a kissing hairpin complex derived from the human
  4.        immunodeficiency virus genome.
  5.  DT    9412
  6.  AU    Chang KY; Tinoco I Jr; Department of Chemistry, University of
  7.        California, Berkeley; 94720.
  8.  SO    Proc Natl Acad Sci U S A. 1994 Aug 30;91(18):8705-9. Unique Identifier :
  9.        AIDSLINE MED/94360000
  10.  AB    Base-pair formation between two hairpin loops--a kissing complex--is an
  11.        RNA-folding motif that links two elements of RNA secondary structure. It
  12.        is also a unique protein recognition site involved in regulation of
  13.        ColE1 plasmid DNA replication. The trans-activation response element
  14.        (TAR), a hairpin and bulge at the 5' end of the untranslated leader
  15.        region of the human immunodeficiency virus 1 mRNA, enhances the
  16.        transcription of the virus and is necessary for viral replication. Gel
  17.        electrophoresis and absorbance melting curves indicate that a
  18.        synthesized RNA hairpin (Tar*-16) with a loop sequence complementary to
  19.        the TAR loop sequence (CUGGGA) associates specifically with a
  20.        16-nucleotide TAR hairpin (Tar-16) to form a stable complex. RNase T1
  21.        probing indicates that the three guanines in the Tar-16 loop become
  22.        inaccessible in the complex. NMR imino proton spectra reveal that 5 base
  23.        pairs are formed between the two hairpin loops (Tar-16 and Tar*-16);
  24.        only the adenine at the 3' terminus of the TAR loop does not form a base
  25.        pair with the 5'-terminal uracil of the complementary loop. A
  26.        14-nucleotide hairpin [CCUA(UCCCAG)UAGG] with a loop sequence
  27.        complementary to the TAR loop is conserved within the gag gene of human
  28.        immunodeficiency virus 1. A synthesized RNA hairpin corresponding to
  29.        this conserved sequence also binds to the Tar-16 hairpin with high
  30.        affinity. It is possible that the same RNA loop-loop interaction occurs
  31.        during the viral life cycle.
  32.  DE    Base Sequence  Hydrogen Bonding  HIV-1/*ULTRASTRUCTURE  Molecular
  33.        Sequence Data  Nuclear Magnetic Resonance  Nucleic Acid Conformation
  34.        Regulatory Sequences, Nucleic Acid  RNA, Viral/*ULTRASTRUCTURE  Support,
  35.        U.S. Gov't, Non-P.H.S.  Support, U.S. Gov't, P.H.S.  JOURNAL ARTICLE
  36.  
  37.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  38.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  39.  
  40.